Software ayuda a develar complejos resultados de la secuenciación de ADN

Un equipo de biólogos moleculares ha subido a Internet un programa de software disponible gratuitamente para ayudar a los investigadores genómicos a resolver resultados complejos de la secuenciación de ADN.

Los métodos comúnmente empleados para la secuenciación de muestras de ADN, secuenciación de Sanger y pirosecuenciación producen, en ocasiones resultados complejos que pueden ser difíciles o imposibles de interpretar. Para mejorar esta situación los investigadores de la Universidad Johns Hopkins (Baltimore, MD, EUA; www.jhu.edu) han desarrollado un programa de software gratuito, Pyromaker, que puede evaluar con mayor exactitud estas mutaciones genéticas complejas.

Pyromaker, produce diagramas simulados según los datos del usuario, incluyendo el porcentaje de células tumorales y normales, la secuencia “de tipo salvaje”, el orden de dispensación y cualquier número de secuencias mutantes. Los diagramas simulados pueden ayudar en el análisis de resultados complejos de pirosecuenciación en los cuales se pueden probar varias mutaciones hipotéticas y los diagramas resultantes pueden ser ajustados con el diagrama real.

En un artículo publicado en la edición digital del 10 de febrero de 2012, de la revista “Journal of Molecular Diagnostics” los investigadores informaron que validaron el software utilizando los diagramas reales para mutaciones comunes del gen KRAS, así como varias mutaciones en los genes BRAF, GNAS y p53 . Demostraron que todas las 18 posibles mutaciones en una sola base de los codones 12 y 13 del gen KRAS produjeron huellas únicas en la pirosecuenciación y pusieron de relieve las diferencias entre ellos. Demostraron, además, que todas las mutaciones complejas reportadas del codón 12 y el 13 produjeron diagramas únicos.

El autor principal, Dr. James R. Eshleman, profesor de patología y oncología en la Universidad Johns Hopkins, dijo: “La hipótesis de análisis dirigida por el usuario permite la generación de rastros virtuales que se pueden comparar con los datos reales para clarificar resultados ambiguos de pirosecuenciación y del método de Sanger. Por otra parte, Pyromaker puede probar con rapidez y eficacia las posibilidades que pueden explicar un resultado complicado de secuenciación múltiple.

Aunque la pirosecuenciación y la secuenciación de Sanger son herramientas poderosas para resolver la mayoría de las mutaciones, para ciertos casos complejos ninguno de ellos, por sí solo, es suficiente para proporcionar una interpretación definitiva. Otros métodos, como el análisis con Pyromaker o la clonación TA y secuenciación, permiten hacer un diagnóstico definitivo del alelo variante. Pyromaker está disponible en línea de forma gratuita y se puede acceder desde cualquier computadora con acceso a Internet. El análisis iterativo de Pyromaker, es el método menos costoso y más rápido, para resolver estos casos”.

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Johns Hopkins University