Base de datos de ontología genética

Una base de datos que clasifica miles de genes humanos por sus procesos biológicos, función molecular o componentes celulares es ayudada por una tecnología de bioinformática nueva que adivina la categoría apropiada para los genes que no se han clasificado.

La base de datos de Ontología Genética es desarrollada por el Consorcio de Ontología Genética, apoyado por un fondo del Instituto Nacional de Investigación del Genoma de los Estados Unidos (NHGRI, Washington, DC, EUA).

Biomind LLC (Rockville, MD, EUA) está aplicando algoritmos avanzados de aprendizaje de máquinas para adivinar la categoría apropiada y clasificar cientos de genes que no habían sido clasificados previamente. El software Biomind hace sus adivinanzas combinando la información de secuencias de genes con los datos obtenidos de un gran cuerpo de datos de microarreglos, incorporando datos de varios experimentos diferentes. Los resultados de este análisis están disponibles en el portal de Internet de la compañía.

El concepto básico es que si un gen se comporta y se ve similar a los genes en alguna categoría de Ontología Genética, como "reparación de ADN” o glicólisis, entonces posiblemente el gen pertenece a esa categoría. Sin embargo, no siempre es tan simple. "Pasar de este concepto básico a un sistema de clasificación que funcione con alta exactitud implica mucha ciencias de computación”, explicó el Dr. Ben Goertzel, director ejecutivo de Biomind. Las pruebas estadísticas sugieren que la predicción del sistema tendrá una exactitud aproximada del 80%, y se puede mejorar esa exactitud en el futuro cercano usando una colección más amplia de datos de microarreglos.

Según el Dr. Goertzel, esta información sobre la función de los genes "debería ser interesante a para cualquier persona que haga investigación en genómica. Sugiere funciones posibles para varios genes que anteriormente no se entendían en lo absoluto, algunos de los cuales nunca fueron mencionados en la literatura de investigación, porque los biólogos no habían llegado a estudiarlos. Por ejemplo, hay docenas de genes que nuestros software dice estar asociados con la programación de la muerte celular--una causa clave del envejecimiento--y de los que anteriormente no se sabía que tuvieran relación con algo”.



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