Procesando secuencias genómicas en minutos

Una herramienta computacional nueva puede dividir el trabajo de analizar los datos biológicos en fragmentos manejables, de tal manera que se puedan correr conjuntos grandes de datos en varios procesadores simultáneamente, resolviendo problemas en gran escala en minutos, en lugar de semanas.

La herramienta, llamada ScalaBLAST fue desarrollada en el Laboratorio Nacional de Pacífico Noroccidental del Departamento de Energía de los Estados Unidos (PNNL, Richland, WA, EUA). El supercomputador de PNNL tiene 1.960 procesadores, mucha memoria y la capacidad de resolver problemas grandes. Sin embargo, sin modificaciones especiales, el software no es más rápido de lo que sería en un computador personal. Con el fin de acelerarlo y obtener respuestas de manera más rápida a preguntas biológicas complicadas, los investigadores en PNNL "paralelizaron” el software, usando "Global Arrays” un estuche de herramientas de programación poderoso, creando algoritmos para dividir el trabajo.

Los investigadores en PNNL dicen que ScalaBLAST puede ser usado para procesar secuencias genómicas complejas, esenciales para el entendimiento de los componentes del genoma. Ahora pueden manejar una entrada grande de datos provenientes de preguntas nuevas que pueden aparecer como consecuencia de la investigación en el genoma humano. Antes de tener esta herramienta, les tomaba 10 días a los investigadores analizar un organismo. Ahora, pueden analizar 13 organismos en nueve horas, haciendo que el tiempo para la solución sea cien veces más rápido.

"El acceso al entendimiento de los pedazos de secuencias genómicas permitirá que los investigadores entiendan la maquinaria celular del cuerpo y descubran claves para algunos tipos de cáncer”, observó T.P. Straatsma, un investigador principal en PNNL. "Y ayudará a desarrollar drogas o métodos de detección que se usarán para enfermedades particulares”.




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